История театра Фоменко началась, по словам там работающих актеров и режиссеров, в июле 1988 года, именно тогда была набрана на режиссерском факультете ГИТИСа вторая группа. Однако известен театр стал летом 1993 года, тогда он носил название Мастерская Петра Фоменко. Пять лет ушло у театра на то, чтобы получить официальный статус. В стенах театрального вуза есть традиция – каждый курс именуется «мастерской», именно из этого «прозвища» и пошло официальное название театра.

В состав основной труппы входили выпускники ГИТИСа 1993 года, после, конечно, коллектив пополнялся новыми актерами неоднократно. Одной из отличительных и характерных для Мастерской черт является многообразие стилистических идей и оригинальность режиссерских решений. Поэтому продаваемые в театр Фоменко билеты всегда пользуются популярностью.

Длительное время у театра не было своего помещения и выступали актеры «где придется», постоянно переезжая с места на место. Проект здания театра был создан только в 2004 году в архитектурной мастерской Гнедовского, и, спустя некоторое время, у театра Фоменко, наконец, появилось постоянное «место жительства» на набережной Тараса Шевченко.

С самого начала своего создания театр Фоменко задумывался как экспериментальный, и эти эксперименты оказались успешными – довольно быстро он сумел обрести и признание театральных критиков и зрительскую любовь. Многим из спектаклей, которые выходили на его сцене, присуждались различные театральные премии. Гастроли проходили во многих не только российских, но и зарубежных городах. Помимо художественного руководителя постановкой спектаклей Мастерской занимаются и известные режиссеры, такие как Николай Дручек, Евгений Каменькович, Иван Поповский, Сергей Женовач. Все ученики мастера принимают активное участие в жизни театра, деля с ним тяготы становления и развития.

Проблема с отсутствием здания была на какое-то время решена благодаря московскому правительству, которое выделило ему здание, в котором когда-то располагался кинотеатр «Киев» на Кутузовском проспекте. Несмотря на то, что творческая деятельность театра Фоменко относительно короткая, он успел завоевать множество премий и наград. Например, в 2000 году ему были присуждена премия имени Станиславского. Есть в активе и премии «Триумф», «Золотая маска» и имени Товстоногова.